Infections sexuellement transmissibles (IST)

Infectiologie · Prévention, dépistage, grossesse · mise à jour le 29/10/2026

Fréquence : En 2024, environ 61 100 personnes ont été diagnostiquées et traitées pour une infection à Chlamydia trachomatis en secteur privé en France (incidence de 89 pour 100 000 habitants, 306 pour 100 000 chez les femmes de 15 à 25 ans) et environ 6 500 pour une syphilis ^[1].

Infections sexuellement transmissibles (IST)

Ce bilan est à réaliser à chaque changement de partenaire.

Attention, la sérologie VIH est à répéter 6 semaines après l’exposition à risque.

La sérologie VHB est à réaliser en cas d’absence de vaccination.

La sérologie VHC est à réaliser dans le contexte de recherche d’IST, mais également en cas d’antécédent de transfusion avant 1992, d’incarcération ou si le patient est né ou a vécu en zone d’endémie. Elle figure dans tout bilan IST : la HAS recommande de dépister l’hépatite C chez les personnes à risque, dont les hommes ayant des rapports avec des hommes et les partenaires sexuels de personnes atteintes ^[7], et son bilan post-exposition l’inclut d’emblée ^[8] ; l’AFEF la conseille chez tout adulte au moins une fois dans la vie, avec les dépistages du VHB et du VIH ^[9].

La PCR Mycoplasma genitalium n’est pas systématique chez les patients asymptomatiques, dans le cadre du dépistage (le caractère pathogène n’est pas obligatoire et une clairance spontanée peut survenir). Elle est donc recommandée :

– chez les patients symptomatiques (urétrite masculine, cervicite muco-purulente, leucorrhées chez une femme à risque d’IST, métrorragies post-coïtaux, infection génitale haute féminine, orchi-épididymite avant 50 ans notamment) ;

– chez les patients ayant des symptômes récurrents ou persistants en particulier lorsque M. genitalium n’a pas été recherché ;

– chez les partenaires actuels de patients infectés par M. genitalium.

La PCR sur prélèvement vaginale est légèrement supérieure au premier jet urinaire (cf. Aaron et al. en source), qui reste une bonne alternative. Les PCR Chlamydia et gonocoque peuvent être faites sur plusieurs sites selon les pratiques sexuelles et l’exposition (vagin ou premier jet d’urine, anus, gorge) ; les actes à 2 et 3 sites (5302 et 5303) sont pris en charge sur prescription explicite en cas de rapports anaux ou pharyngés ^[2].

Rapport à risque datant de moins de 48 heures : penser au traitement post-exposition (TPE). Le TPE doit être instauré le plus tôt possible, idéalement dans les 4 heures, et jusqu’à 48 heures après l’exposition ; au-delà, notamment entre 48 et 72 heures, aucune protection significative n’est démontrée ^[8]. Adresser sans attendre aux urgences (des kits de démarrage doivent y être disponibles) ou au centre référent ^[8]. Le bilan biologique ne doit jamais retarder le TPE ^[8].

Bilan initial après une exposition sexuelle : sérologies VIH, VHB (Ag HBs, Ac anti-HBs, Ac anti-HBc, sauf immunité documentée) et VHC, sérologie syphilis, PCR Chlamydia et gonocoque sur chaque site exposé (pharynx si rapport oro-génital, anus si rapport anal, autoprélèvement vaginal ou premier jet d’urine) ; ALAT et créatininémie avec DFG si un TPE est prescrit ^[8].

Contrôles après une exposition sexuelle : sans TPE et sans risque d'hépatite, sérologie VIH et dépistage des IST à 6 semaines de l'exposition ; après un TPE, à 10 semaines, soit 6 semaines après la fin du traitement ; en cas de risque d'hépatite (personne non immunisée contre le VHB ; pour le VHC, pratique anale traumatique, chemsex, partenaire usager de drogues injectables ou porteur d'une hépatite C non traitée), contrôles VIH, IST et hépatites à 12 semaines, la sérologie VIH pouvant être faite dès 6 semaines (10 semaines après un TPE) pour qui ne veut pas attendre ^[8].

Partenaire d'une personne atteinte de syphilis : si le rapport date de moins de 3 mois avant le traitement du cas index, traitement d'emblée ou surveillance sérologique à J0, 6 semaines, 3 mois, voire 6 mois ; au-delà de 3 mois, sérologie à J0, 3 mois et 6 mois ; une femme enceinte exposée est toujours traitée ^[10].

PCR : Chlamydia trachomatis et gonocoque en première intention ; Mycoplasma genitalium en deuxième intention, devant une urétrite dont ces deux PCR sont négatives ^[3]. La HAS (2025) ne retient la recherche de M. genitalium que dans quatre situations : symptômes d'urétrite ou de cervicite aiguë, symptômes récurrents ou persistants, partenaire actuel d'une personne infectée, contrôle en cas de symptômes persistant 3 semaines après la fin du traitement ; jamais en dépistage chez une personne sans symptôme ; les mycoplasmes commensaux (M. hominis, Ureaplasma) ne se recherchent plus par culture ^[4]. Chez la femme, l'autoprélèvement vaginal est plus sensible que l'urine du premier jet pour Chlamydia (94 % contre 87 %) et pour le gonocoque (97 % contre 91 %) ^[11].

Cystite post-coïtale : penser à l’ECBU. Une dysurie-pollakiurie peut aussi traduire une infection génitale basse (vaginite, cervicite) : ne pas oublier les PCR ^[3]. Devant des cystites récidivantes (au moins 4 épisodes en 12 mois), l’ECBU est indiqué pour les premiers épisodes de récidive, pour faire la preuve d’infections itératives à germes différents ^[5]. Quand les rapports sexuels sont en cause, l’antibioprophylaxie post-coïtale est aussi efficace qu’un traitement quotidien ; un ECBU doit être réalisé au plus tard 1 à 2 semaines avant de la débuter, et être négatif ^[5] ; la HAS (2025) maintient cet ECBU initial avant toute antibioprophylaxie ^[6].

La stratégie de dépistage de Chlamydia (qui dépister, avec quel test, à quel rythme) est détaillée dans l’onglet « Dépistage d’un sujet asymptomatique » ^[12].

Le patient peut aussi demander ce dépistage directement au laboratoire, sans ordonnance (voir l’onglet « Dépistage sans ordonnance ») ^[13].

Divergences : pour l’hépatite C, la HAS recommande un dépistage ciblé sur les facteurs de risque et juge que l’efficience d’un dépistage universel n’est pas démontrée ^[14], alors que l’AFEF conseille de dépister chaque adulte au moins une fois dans sa vie ^[9] ; ce bilan retient le dépistage de l’hépatite C avec les autres sérologies. En Belgique, le KCE ne conseille la sérologie VHC chez les hommes ayant des rapports avec des hommes qu'en cas d'infection par le VIH, de PrEP ou de pratiques sexuelles traumatiques, et l'élargit aux usagers de drogues partageant leur matériel ^[15]. Au Québec, la transmission sexuelle du VHC est jugée rare hors des hommes ayant des rapports avec des hommes vivant avec le VIH, et le dépistage de Chlamydia vise les hommes comme les femmes de 25 ans et moins sexuellement actifs ^[16].

Ailleurs dans le monde : la BASHH britannique et les recommandations australiennes associent toujours les sérologies VIH et syphilis au dépistage des IST ^[17,18]. Elles réservent en revanche l'hépatite C aux personnes à risque (usage de drogues injectables, infection par le VIH, PrEP ; au Royaume-Uni, pas de dépistage des hommes ayant des rapports avec des hommes sans facteur de risque), la transmission sexuelle étant exceptionnelle dans un couple hétérosexuel stable sans VIH ^[18,19] ; aux États-Unis, l'USPSTF (grade B, de 18 à 79 ans) et le CDC dépistent l'hépatite C au moins une fois chez tout adulte, et le CDC reprend le dépistage annuel des hommes ayant des rapports avec des hommes vivant avec le VIH recommandé par l'AASLD-IDSA ^[20,21]. Pour l'hépatite B, la BASHH (2026) propose une recherche de l'Ag HBs au moins une fois à toute personne consultant en santé sexuelle, les Ac anti-HBc et anti-HBs n'étant dosés qu'au besoin, pas en routine chez l'adulte immunocompétent non vacciné ^[19], et le CDC (2023) le triple dosage au moins une fois chez tout adulte ^[22] (choix coût-efficacité). Ni l'Australie ni les États-Unis ne recherchent Mycoplasma genitalium chez une personne sans symptôme ^[18,21]. Le CDC recommande un dépistage annuel de Trichomonas vaginalis chez les femmes vivant avec le VIH (complications propres à la co-infection) ^[21].

Dépistage sans ordonnance (moins de 26 ans)

Depuis le 1er septembre 2024, toute personne peut demander directement dans un laboratoire de biologie médicale, sans ordonnance ni rendez-vous, le dépistage de 5 IST : VIH, hépatite B, syphilis, gonocoque et Chlamydia trachomatis (dispositif « Mon test IST ») ^[13].

• VIH : sans avance de frais, à tout âge ; le dispositif prolonge « VIH Test », dépistage sans ordonnance pris en charge à 100 % sans limite d’âge depuis 2022 ^[13,25].
• Hépatite B, syphilis, gonocoque, Chlamydia : sans avance de frais avant 26 ans ^[13,25] ; après 26 ans, remboursement aux taux habituels (60 % Assurance maladie, 40 % complémentaire) ^[26].
• Les participations forfaitaires et les franchises restent applicables aux personnes majeures, sauf exception ^[13].
• Prélèvements : autoprélèvement pour les sites vaginal et anal ; le prélèvement pharyngé peut être fait par un professionnel de santé ^[13].
• Mineur : il faut le consentement d’un titulaire de l’autorité parentale ; s’il veut garder le secret, il vient accompagné d’un majeur de son choix, sinon il est orienté vers un CeGIDD ^[13]. Gratuité et anonymat : CeGIDD ^[13].
• De 18 à 25 ans inclus, un kit d’autoprélèvement à domicile (Chlamydia et gonocoque), pris en charge à 100 %, peut être commandé sur mon-test-ist.ameli.fr ^[26].

Le dispositif ne couvre que ces 5 IST : l’hépatite C et Mycoplasma genitalium restent sur ordonnance (onglet précédent) ^[13,27]. Au laboratoire, un questionnaire remis au patient oriente le biologiste vers les dépistages et les sites d’autoprélèvement adaptés à ses pratiques sexuelles ; un résultat positif est annoncé par le biologiste, qui oriente le patient vers une structure de soins ^[27].

Le biologiste complète de lui-même si besoin : confirmation et antigène p24 si le dépistage VIH est positif ; test non tréponémique titré si le test tréponémique est positif (aucun autre test s’il est négatif) ; IgM anti-HBc si l’Ag HBs est positif ^[24]. En cas de résultat positif, le laboratoire oriente le patient vers une prise en charge ^[13].

Ailleurs dans le monde : ces cinq infections forment aussi le bilan asymptomatique standard des recommandations australiennes, qui n'y incluent pas non plus l'hépatite C hors facteur de risque ni Mycoplasma genitalium ^[18]. Au Royaume-Uni, la BASHH propose le dépistage des virus transmissibles par le sang à toute personne qui consulte en santé sexuelle, quel que soit le motif ^[17].

Dépistage d’un sujet asymptomatique

Ce bilan concerne une personne sans symptôme, qui demande un dépistage ou à qui on le propose. Devant un écoulement, une douleur, une lésion ou un contact avéré avec une IST, voir le premier onglet.

Qui dépister, et à quel rythme

• VIH : à proposer à toute personne de 15 à 70 ans au moins une fois dans la vie, à l’occasion d’un recours aux soins, puis tous les 3 mois chez les hommes ayant des rapports avec des hommes, tous les ans chez les usagers de drogues injectables et chez les personnes originaires de zones de forte prévalence (Afrique subsaharienne, Caraïbes) ^[31]. Un test de 4e génération est à proposer systématiquement lors du diagnostic d’une autre IST ^[31].
• Chlamydia et gonocoque (PCR) : dépistage opportuniste systématique chez les femmes sexuellement actives de 15 à 25 ans inclus, y compris enceintes ; dépistage ciblé chez les hommes ayant un facteur de risque quel que soit l’âge, chez les femmes de plus de 25 ans ayant un facteur de risque et chez les femmes enceintes qui consultent pour une IVG ^[12]. Facteurs de risque : au moins deux partenaires dans l’année, changement récent de partenaire, IST chez la personne ou son partenaire (gonocoque, syphilis, VIH, M. genitalium), antécédent d’IST, homme ayant des rapports avec des hommes, prostitution, viol ^[12]. Test : PCR duplex Chlamydia/gonocoque ; chez la femme, prélèvement vaginal (par le soignant ou autoprélèvement) plutôt qu’urinaire ^[12]. À refaire chaque année si le test est négatif et qu’il y a eu des rapports non protégés avec un nouveau partenaire, 3 à 6 mois après un test positif et tous les 3 mois chez les hommes ayant des rapports avec des hommes ^[12].
• Sites de prélèvement : la HAS (2018) juge nécessaire que les trois sites (ano-rectal, pharyngé, génito-urinaire) puissent être remboursés selon les pratiques sexuelles ^[12] ; la nomenclature prend en charge les actes à 2 et 3 sites sur prescription explicite en cas de rapport anal et/ou pharyngé ^[2]. La HAS demande de répéter ce dépistage chaque année en cas de test négatif et de rapports non protégés avec un nouveau partenaire ; après un test positif, à 3-6 mois, puis tous les trois mois chez les hommes ayant des rapports avec des hommes ^[12].
• Syphilis : sérologie chez les personnes exposées (hommes ayant des rapports avec des hommes et rapports non protégés, autre IST, prostitution et clients, rapports non protégés avec plusieurs partenaires, migrants de zones d’endémie, incarcération, viol) ; le rythme se règle sur le risque, au minimum une fois par an en cas de prise de risque récurrente ^[29] ; le guide québécois prévoit au moins un dépistage annuel chez les hommes ayant des rapports avec des hommes et chez les personnes sous PrEP ^[16] ; sous PrEP, le suivi de la HAS a lieu tous les 3 mois et comprend le dépistage des autres IST ^[30] ; ces rythmes sont repris par ^[28].
• Hépatite B : sérologie complète (Ag HBs, Ac anti-HBs, Ac anti-HBc) chez les personnes exposées, avant de proposer la vaccination ^[28]. La HAS (2011) a retenu trois stratégies : les trois marqueurs d'emblée (statut immunitaire exact en un seul temps, mais plus coûteux), l'Ac anti-HBc avec l'Ac anti-HBs (contrôle avant vaccination de la NABM) ou l'Ag HBs avec l'Ac anti-HBs ; la fiche propose la première ^[32].
• Hépatite C : sérologie à ajouter au dépistage des autres IST (voir le premier onglet) ; la HAS la recommande chez toute personne à risque, dont les hommes ayant des rapports avec des hommes et les partenaires sexuels de personnes atteintes ^[7].

À ne pas demander : la PCR Mycoplasma genitalium chez une personne sans symptôme ^[4], la sérologie Chlamydia ^[12,23], la recherche d’herpès ou de Trichomonas vaginalis, qui ne font pas partie du dépistage des personnes asymptomatiques ^[16,28].

Le dépistage peut aussi se faire sans ordonnance au laboratoire (onglet « Dépistage sans ordonnance ») ^[13].

Divergences : au Québec, le dépistage de Chlamydia vise aussi les hommes de 25 ans et moins sexuellement actifs, sans condition de facteur de risque, là où la HAS le réserve aux hommes à risque ^[12,16]. Pour l’hépatite C, la HAS recommande un dépistage ciblé ^[7,14] alors que l’AFEF conseille un dépistage de chaque adulte au moins une fois dans la vie ^[9] ; en Belgique, le KCE ne le conseille chez les hommes ayant des rapports avec des hommes qu’en cas d’infection par le VIH, de PrEP ou de pratiques traumatiques ^[15].

Ailleurs dans le monde : l'USPSTF recommande de dépister Chlamydia et le gonocoque chez toute femme sexuellement active de 24 ans ou moins et chez les femmes plus âgées à risque accru (grade B), et juge les preuves insuffisantes chez l'homme (grade I) ^[33]. Chez la femme, le Royaume-Uni et l'Australie ne prélèvent pas en routine la gorge ni l'anus, sauf risque accru (partenaire d'une personne infectée, travail du sexe) ; la BASHH demande en revanche les trois sites chez tout homme sexuellement actif ayant des rapports avec des hommes ^[17,18]. La sérologie syphilis accompagne tout dépistage au Royaume-Uni et en Australie ^[17,18], alors que l'USPSTF (grade A) et la HAS la réservent aux personnes exposées ^[29,34] (organisation du dépistage). La BASHH fixe le rythme à une fois par an et à chaque changement de partenaire, tous les 3 mois en cas de risque élevé (PrEP, plus de 10 partenaires en 12 mois, année qui suit une IST bactérienne) ^[17]. Pour les hépatites, la BASHH (2026) et le CDC (2023) dépistent l'hépatite B au moins une fois chez toute personne consultant en santé sexuelle ou chez tout adulte ^[19,22] (choix coût-efficacité aux États-Unis), l'USPSTF l'hépatite C chez tout adulte de 18 à 79 ans ^[20], et la BASHH cible l'hépatite C sur les facteurs de risque ^[19].

Sources

1. Santé publique France. Surveillance du VIH et des IST bactériennes en France en 2024. Bulletin, édition nationale, 23 octobre 2025.
2. Caisse nationale de l’assurance maladie. Nomenclature des actes de biologie médicale (NABM), version 105 : actes 5301 à 5303 (recherche de Chlamydia trachomatis et/ou Neisseria gonorrhoeae par amplification génique, 1, 2 ou 3 sites).
3. Pilly - Item 162
4. Diagnostic biologique des mycoplasmes urogénitaux dans les infections génitales basses – Rapport d'évaluation - Actualisation d'avril 2025
5. Société de pathologie infectieuse de langue française (SPILF). Diagnostic et antibiothérapie des infections urinaires bactériennes communautaires de l’adulte. Mise au point, actualisation au 11 décembre 2015.
6. Haute Autorité de santé, SPILF. Choix et durées d'antibiothérapies : cystite aiguë simple, à risque de complication ou récidivante, de la femme. Fiche mémo, validée le 15 juillet 2021, mise à jour le 13 mai 2025.
7. Haute Autorité de santé. Hépatite C : prise en charge simplifiée chez l’adulte. Fiche mémo, mars 2019 (mise à jour septembre 2019).
8. Haute Autorité de santé, Conseil national du sida et des hépatites virales, ANRS-MIE. Traitement préventif post-exposition au VIH. Recommandation de bonne pratique, validée par le Collège le 25 juillet 2024.
9. Remy AJ, Bellon S, Smadhi R, et al. Dépist C Endo : dépister l’hépatite C avant endoscopie en consultation externe d’hépato-gastro-entérologie. Bulletin épidémiologique hebdomadaire. 2023;(15-16).
10. Conseil national du sida et des hépatites virales, ANRS-MIE, labellisé par la Haute Autorité de santé. Recommandations de prise en charge des personnes ayant une syphilis. Recommandations de bonne pratique, mai 2025.
11. Aaron, K. J., Griner, S., Footman, A., Boutwell, A., & Van Der Pol, B. (2023). Vaginal swab vs urine for detection of Chlamydia trachomatis, Neisseria gonorrhoeae, and Trichomonas vaginalis: A meta-analysis. The Annals of Family Medicine, 21(2), 172-179
12. Haute Autorité de santé. Réévaluation de la stratégie de dépistage des infections à Chlamydia trachomatis. Recommandation en santé publique, mise en ligne le 23 octobre 2018.
13. Assurance maladie (ameli.fr, espace Laboratoires d’analyses médicales). Dépistage des IST en laboratoire sans ordonnance : Mon test IST. Page consultée le 11 octobre 2026.
14. Haute Autorité de santé. Évaluation des stratégies de dépistage des personnes infectées par le virus de l’hépatite C (VHC), volet 1 : efficience des stratégies de dépistage. 2019.
15. Jespers V, Stordeur S, Desomer A, et al. Prise en charge en 1re ligne des infections sexuellement transmissibles : développement d’un outil interactif d’aide à la consultation. Synthèse. Bruxelles : Centre fédéral d’expertise des soins de santé (KCE), 2019. KCE Reports 321Bs.
16. Ministère de la Santé et des Services sociaux du Québec. Guide québécois de dépistage des infections transmissibles sexuellement et par le sang. Mise à jour de juillet 2019 (publication 19-308-13W).
17. Coleman H, Samuel I, Soni S, et al. BASHH Summary Guidance on Testing for Sexually Transmitted Infections, 2023. British Association for Sexual Health and HIV (Royaume-Uni), 2023.
18. Australasian Society for HIV, Viral Hepatitis and Sexual Health Medicine (ASHM). Australian STI Management Guidelines for Use in Primary Care : Standard Asymptomatic Check-up. Page mise à jour le 30 juin 2026, consultée le 29 octobre 2026.
19. Garvey L, Bhagani S, Kulasegaram R, et al. British Association for Sexual Health and HIV (BASHH) guidelines on the management of viral hepatitis 2026. Int J STD AIDS. 2026 (publication en ligne).
20. US Preventive Services Task Force. Screening for Hepatitis C Virus Infection in Adolescents and Adults: US Preventive Services Task Force Recommendation Statement. JAMA. 2020;323(10):970-975.
21. Workowski KA, Bachmann LH, Chan PA, et al. Sexually Transmitted Infections Treatment Guidelines, 2021. MMWR Recomm Rep. 2021;70(4):1-187.
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23. Caisse nationale de l’assurance maladie. Nomenclature des actes de biologie médicale (NABM), version 105 : acte 1307 (sérologie de Chlamydia trachomatis).
24. Caisse nationale de l’assurance maladie. Nomenclature des actes de biologie médicale (NABM), version 105 : actes 0393 à 0396, 1356-1357, 5311 à 5313, 5500-5501.
25. Décret n° 2024-725 du 5 juillet 2024 relatif à la participation des assurés aux frais liés au dépistage de l’infection par le virus de l’immunodéficience humaine et des autres infections sexuellement transmissibles mentionnées à l’article L. 162-13-2 du code de la sécurité sociale. Journal officiel du 7 juillet 2024, texte 29.
26. Assurance maladie (ameli.fr, espace Assurés). Dépister les IST. Page consultée le 11 octobre 2026.
27. Arrêté du 8 juillet 2024 fixant la liste des infections sexuellement transmissibles dépistées à la demande du patient en laboratoire de biologie médicale et les modalités de ces dépistages.
28. Phung B-C. Recommandations de dépistage des IST en France. Séminaire Santé sexuelle, SMIT Bichat, 24 septembre 2025 (diaporama hébergé par la SPILF ; reprend les recommandations HAS de 2009, 2011, 2017 et 2018 et les données de Santé publique France 2022).
29. Haute Autorité de santé. Évaluation a priori du dépistage de la syphilis en France. Recommandation en santé publique, argumentaire, 2007.
30. Haute Autorité de santé. Bon usage du médicament : la prophylaxie pré-exposition (PrEP) au VIH par ténofovir disoproxil/emtricitabine (Truvada et ses génériques). Mise à jour avril 2019.
31. Haute Autorité de santé. Réévaluation de la stratégie de dépistage de l’infection à VIH en France. Synthèse et conclusions de la recommandation en santé publique, mars 2017.
32. Haute Autorité de santé. Stratégies de dépistage biologique des hépatites virales B et C. Recommandation en santé publique, synthèse, janvier 2012 (évaluation de 2011).
33. US Preventive Services Task Force. Screening for Chlamydia and Gonorrhea: US Preventive Services Task Force Recommendation Statement. JAMA. 2021;326(10):949-956.
34. US Preventive Services Task Force. Screening for Syphilis Infection in Nonpregnant Adolescents and Adults: US Preventive Services Task Force Reaffirmation Recommendation Statement. JAMA. 2022;328(12):1243-1249.
35. Bébéar C. Mycoplasma genitalium : quand le rechercher ? Journées SPILF 2019