Sexually transmitted infections (STIs)
BioMG follows French guidelines. Adapt it to the guidelines and the tests available where you practise.
Sexually transmitted infections (STIs)
Laboratory tests
- HIV serology
- Syphilis serology
- Hepatitis C serology
- Hepatitis B serology (HBsAg, anti-HBs antibodies, anti-HBc antibodies)
On self-collected sample or first-catch urine
- Chlamydia trachomatis and Neisseria gonorrhoeae NAAT (PCR)
- Chlamydia trachomatis and Neisseria gonorrhoeae NAAT (PCR), 2 sites (depending on sexual practices)if neededAnal or oro-genital intercourse: also sample the anus and/or throat; the 2- or 3-site procedure replaces the 1-site one (the three cannot be combined) and requires an explicit prescription [2].
- Chlamydia trachomatis and Neisseria gonorrhoeae NAAT (PCR), 3 sites (depending on sexual practices)if neededAnal or oro-genital intercourse: also sample the anus and/or throat; the 2- or 3-site procedure replaces the 1-site one (the three cannot be combined) and requires an explicit prescription [2].
- Mycoplasma genitalium NAAT (PCR)if neededSymptoms of urethritis or cervicitis (2nd-line test if Chlamydia and gonococcus PCR are negative [3]), recurrent or persistent symptoms, current partner of an infected person, or follow-up test if symptoms persist 3 weeks after the end of treatment; never as screening in a person without symptoms [4].
- These PCRs can be done on several sites depending on sexual practices and exposure (vagina or first-catch urine, anus, throat): 2 sites (procedure code 5302) or 3 sites (procedure code 5303), on explicit prescription.
Urine tests
Do not order
- Mycoplasma genitalium PCR as screening in a person without symptoms (apart from the current partner of an infected person): not recommended [4].
- Culture of urogenital mycoplasmas (Mycoplasma hominis, Ureaplasma): no longer to be requested, these commensal species cause neither cervicitis nor, for M. hominis and U. parvum, urethritis [4].
- Chlamydia trachomatis serology to screen for or diagnose a lower genital tract infection: screening relies on PCR [12]; the NABM covers serology only if upper tract infection or lymphogranuloma venereum is suspected, in couple infertility work-up or in reactive arthritis [23].
Screening without a prescription (under 26 years, France)
At the laboratory, at the patient's request, without prescription or appointment (“Mon test IST”)
- HIV serology (at any age, 100% reimbursed in France)
- Syphilis serology (treponemal test, then titrated non-treponemal test if positive)
- Hepatitis B serology (HBsAg, anti-HBs, anti-HBc)
On self-collected vaginal or anal sample, or first-catch urine (pharyngeal sample possible by a professional)
- Chlamydia trachomatis and Neisseria gonorrhoeae NAAT (PCR), 1 site
- Chlamydia trachomatis and Neisseria gonorrhoeae NAAT (PCR), 2 sites (depending on sexual practices)if neededAccording to sexual practices (anal or oro-genital intercourse); replaces the 1-site PCR, the three procedures not being combinable [13,24].
- Chlamydia trachomatis and Neisseria gonorrhoeae NAAT (PCR), 3 sites (depending on sexual practices)if neededAccording to sexual practices (anal or oro-genital intercourse); replaces the 1-site PCR, the three procedures not being combinable [13,24].
- No prescription to write: the patient goes directly to the laboratory. Hepatitis C and Mycoplasma genitalium are not included.
Screening of an asymptomatic person
Laboratory tests
- HIV serology
- Hepatitis C serology
- Syphilis serology (if exposure)if neededExposed person: man who has sex with men and unprotected intercourse (including oral sex), other diagnosed STI, sex work (or clients), several partners in the year without a condom, origin from an endemic area, incarceration, rape [28]; at least once a year in case of recurrent risk-taking [29]; every 3 months on PrEP, with screening for other STIs [30].
- Hepatitis B serology (HBsAg, anti-HBs antibodies, anti-HBc antibodies) (if exposure or before vaccination)if neededExposed person (risky sexual behaviour, partner of a chronic carrier, origin from a high-endemicity area, drug use): look for carriage before offering vaccination [28].
On self-collected vaginal sample, first-catch urine or anal or pharyngeal swab
- Chlamydia trachomatis and Neisseria gonorrhoeae NAAT (PCR), 1 site (if woman aged 15 to 25 or risk factor)if neededWoman aged 15 to 25 inclusive (including pregnant): routine screening; others: man or woman over 25 with a risk factor, pregnant woman attending for a termination of pregnancy [12]. Vaginal sample preferred in women [12].
- Chlamydia trachomatis and Neisseria gonorrhoeae NAAT (PCR), 2 sites (depending on sexual practices)if neededAnal or oro-genital intercourse: also sample the anus and/or throat, to be requested explicitly (procedures 5302 and 5303); the HAS considers reimbursement of the three sites according to sexual practices necessary [12]. Replaces the 1-site PCR.
- Chlamydia trachomatis and Neisseria gonorrhoeae NAAT (PCR), 3 sites (depending on sexual practices)if neededAnal or oro-genital intercourse: also sample the anus and/or throat, to be requested explicitly (procedures 5302 and 5303); the HAS considers reimbursement of the three sites according to sexual practices necessary [12]. Replaces the 1-site PCR.
- Sites to sample depending on practices and exposure: vagina or first-catch urine, anus, throat (2 sites: procedure code 5302; 3 sites: procedure code 5303, on explicit prescription).
Do not order
- Mycoplasma genitalium PCR in a person without symptoms (apart from the current partner of an infected person): not recommended [4].
- Chlamydia trachomatis serology as screening: screening relies on PCR [12].
- Testing for genital herpes or Trichomonas vaginalis in a person without symptoms: not part of screening [28].
Sources (35)
- Santé publique France. Surveillance du VIH et des IST bactériennes en France en 2024. Bulletin, édition nationale, 23 octobre 2025.
- Caisse nationale de l’assurance maladie. Nomenclature des actes de biologie médicale (NABM), version 105 : actes 5301 à 5303 (recherche de Chlamydia trachomatis et/ou Neisseria gonorrhoeae par amplification génique, 1, 2 ou 3 sites).
- Pilly - Item 162
- Diagnostic biologique des mycoplasmes urogénitaux dans les infections génitales basses – Rapport d'évaluation - Actualisation d'avril 2025
- Société de pathologie infectieuse de langue française (SPILF). Diagnostic et antibiothérapie des infections urinaires bactériennes communautaires de l’adulte. Mise au point, actualisation au 11 décembre 2015.
- Haute Autorité de santé, SPILF. Choix et durées d'antibiothérapies : cystite aiguë simple, à risque de complication ou récidivante, de la femme. Fiche mémo, validée le 15 juillet 2021, mise à jour le 13 mai 2025.
- Haute Autorité de santé. Hépatite C : prise en charge simplifiée chez l’adulte. Fiche mémo, mars 2019 (mise à jour septembre 2019).
- Haute Autorité de santé, Conseil national du sida et des hépatites virales, ANRS-MIE. Traitement préventif post-exposition au VIH. Recommandation de bonne pratique, validée par le Collège le 25 juillet 2024.
- Remy AJ, Bellon S, Smadhi R, et al. Dépist C Endo : dépister l’hépatite C avant endoscopie en consultation externe d’hépato-gastro-entérologie. Bulletin épidémiologique hebdomadaire. 2023;(15-16).
- Conseil national du sida et des hépatites virales, ANRS-MIE, labellisé par la Haute Autorité de santé. Recommandations de prise en charge des personnes ayant une syphilis. Recommandations de bonne pratique, mai 2025.
- Aaron, K. J., Griner, S., Footman, A., Boutwell, A., & Van Der Pol, B. (2023). Vaginal swab vs urine for detection of Chlamydia trachomatis, Neisseria gonorrhoeae, and Trichomonas vaginalis: A meta-analysis. The Annals of Family Medicine, 21(2), 172-179
- Haute Autorité de santé. Réévaluation de la stratégie de dépistage des infections à Chlamydia trachomatis. Recommandation en santé publique, mise en ligne le 23 octobre 2018.
- Assurance maladie (ameli.fr, espace Laboratoires d’analyses médicales). Dépistage des IST en laboratoire sans ordonnance : Mon test IST. Page consultée le 11 octobre 2026.
- Haute Autorité de santé. Évaluation des stratégies de dépistage des personnes infectées par le virus de l’hépatite C (VHC), volet 1 : efficience des stratégies de dépistage. 2019.
- Jespers V, Stordeur S, Desomer A, et al. Prise en charge en 1re ligne des infections sexuellement transmissibles : développement d’un outil interactif d’aide à la consultation. Synthèse. Bruxelles : Centre fédéral d’expertise des soins de santé (KCE), 2019. KCE Reports 321Bs.
- Ministère de la Santé et des Services sociaux du Québec. Guide québécois de dépistage des infections transmissibles sexuellement et par le sang. Mise à jour de juillet 2019 (publication 19-308-13W).
- Coleman H, Samuel I, Soni S, et al. BASHH Summary Guidance on Testing for Sexually Transmitted Infections, 2023. British Association for Sexual Health and HIV (Royaume-Uni), 2023.
- Australasian Society for HIV, Viral Hepatitis and Sexual Health Medicine (ASHM). Australian STI Management Guidelines for Use in Primary Care : Standard Asymptomatic Check-up. Page mise à jour le 30 juin 2026, consultée le 29 octobre 2026.
- Garvey L, Bhagani S, Kulasegaram R, et al. British Association for Sexual Health and HIV (BASHH) guidelines on the management of viral hepatitis 2026. Int J STD AIDS. 2026 (publication en ligne).
- US Preventive Services Task Force. Screening for Hepatitis C Virus Infection in Adolescents and Adults: US Preventive Services Task Force Recommendation Statement. JAMA. 2020;323(10):970-975.
- Workowski KA, Bachmann LH, Chan PA, et al. Sexually Transmitted Infections Treatment Guidelines, 2021. MMWR Recomm Rep. 2021;70(4):1-187.
- Conners EE, Panagiotakopoulos L, Hofmeister MG, et al. Screening and Testing for Hepatitis B Virus Infection: CDC Recommendations - United States, 2023. MMWR Recomm Rep. 2023;72(1):1-25.
- Caisse nationale de l’assurance maladie. Nomenclature des actes de biologie médicale (NABM), version 105 : acte 1307 (sérologie de Chlamydia trachomatis).
- Caisse nationale de l’assurance maladie. Nomenclature des actes de biologie médicale (NABM), version 105 : actes 0393 à 0396, 1356-1357, 5311 à 5313, 5500-5501.
- Décret n° 2024-725 du 5 juillet 2024 relatif à la participation des assurés aux frais liés au dépistage de l’infection par le virus de l’immunodéficience humaine et des autres infections sexuellement transmissibles mentionnées à l’article L. 162-13-2 du code de la sécurité sociale. Journal officiel du 7 juillet 2024, texte 29.
- Assurance maladie (ameli.fr, espace Assurés). Dépister les IST. Page consultée le 11 octobre 2026.
- Arrêté du 8 juillet 2024 fixant la liste des infections sexuellement transmissibles dépistées à la demande du patient en laboratoire de biologie médicale et les modalités de ces dépistages.
- Phung B-C. Recommandations de dépistage des IST en France. Séminaire Santé sexuelle, SMIT Bichat, 24 septembre 2025 (diaporama hébergé par la SPILF ; reprend les recommandations HAS de 2009, 2011, 2017 et 2018 et les données de Santé publique France 2022).
- Haute Autorité de santé. Évaluation a priori du dépistage de la syphilis en France. Recommandation en santé publique, argumentaire, 2007.
- Haute Autorité de santé. Bon usage du médicament : la prophylaxie pré-exposition (PrEP) au VIH par ténofovir disoproxil/emtricitabine (Truvada et ses génériques). Mise à jour avril 2019.
- Haute Autorité de santé. Réévaluation de la stratégie de dépistage de l’infection à VIH en France. Synthèse et conclusions de la recommandation en santé publique, mars 2017.
- Haute Autorité de santé. Stratégies de dépistage biologique des hépatites virales B et C. Recommandation en santé publique, synthèse, janvier 2012 (évaluation de 2011).
- US Preventive Services Task Force. Screening for Chlamydia and Gonorrhea: US Preventive Services Task Force Recommendation Statement. JAMA. 2021;326(10):949-956.
- US Preventive Services Task Force. Screening for Syphilis Infection in Nonpregnant Adolescents and Adults: US Preventive Services Task Force Reaffirmation Recommendation Statement. JAMA. 2022;328(12):1243-1249.
- Bébéar C. Mycoplasma genitalium : quand le rechercher ? Journées SPILF 2019