Urétrite ou cervicite symptomatique : prélèvements avant traitement et contrôle

Infectiologie · Symptôme ou situation · mise à jour le 31/10/2026

Fréquence : En médecine générale, l'incidence des infections à Chlamydia trachomatis diagnostiquées était estimée à 102 pour 100 000 habitants et celle des gonococcies à 44 pour 100 000 en 2022 (cas symptomatiques et dépistages) ^[1].

Homme : urétrite

Définir l'urétrite. Plus de 5 polynucléaires par champ au frottis urétral ou plus de 10 à l'examen du premier jet centrifugé, chez un patient n'ayant pas uriné depuis au moins 2 heures ; écoulement purulent ou clair, brûlures, prurit canalaire ^[2]. Sans examen microscopique, la guideline européenne retient comme critères un écoulement mucopurulent ou purulent à l'examen, une bandelette positive pour les leucocytes (1+ ou plus) ou des filaments sur le premier jet d'urine ^[8]. Les germes les plus fréquents sont Neisseria gonorrhoeae, Chlamydia trachomatis et Mycoplasma genitalium ; les infections mixtes représentent 10 à 50 % des urétrites ^[2].

Pourquoi la culture. Avec un écoulement, l'examen direct (diplocoques intracellulaires) a une sensibilité de 90 à 95 % chez l'homme symptomatique ^[9], mais il est rarement accessible en laboratoire de ville ^[3]. La culture donne l'antibiogramme (concentration minimale inhibitrice de la ceftriaxone), indispensable vu la résistance du gonocoque ; tout test d'amplification positif pour le gonocoque devrait justifier une culture, qui ne retarde pas le traitement ^[3]. La NABM inclut obligatoirement la culture du gonocoque dans l'examen d'un prélèvement génital ^[5].

Pourquoi la PCR multiplex. Chez l'homme symptomatique, la NABM prévoit la recherche couplée de Chlamydia, gonocoque et Mycoplasma genitalium, de préférence sur premier jet d'urine ^[5]. La recherche de M. genitalium est réservée aux infections symptomatiques ; son traitement spécifique se discute après celui des autres IST ^[10]. Si M. genitalium est positif, la recherche de résistance aux macrolides guide l'antibiotique ^[10].

Autres IST : chez un patient atteint de gonococcie, proposer Chlamydia, M. genitalium (symptomatique), syphilis, VHB, VHC et VIH ^[9]. Le diagnostic d'une infection à Chlamydia est l'occasion d'évaluer le risque d'acquisition du VIH et de proposer une PrEP si besoin ^[4].

Partenaires : gonocoque, notifier les partenaires des 6 derniers mois, ou des 2 dernières semaines en cas d'urétrite gonococcique masculine (incubation courte) ; tout contact symptomatique est traité ; un contact asymptomatique dont le dernier rapport date de moins de 14 jours est traité d'emblée, le test pouvant être encore négatif ^[3]. Chlamydia, notifier les partenaires des 6 derniers mois ; chacun fait une PCR ; un traitement est proposé d'emblée si le dernier rapport date de moins de 14 jours ^[4]. M. genitalium : dépister les partenaires actuels, traités comme le cas index s'ils sont positifs ^[10].

Pour la cervicite, voir l'onglet suivant ; pour une douleur scrotale, la fiche « Orchi-épididymite » ; pour une ulcération, la fiche « Ulcération génitale ».

Ailleurs dans le monde : le Royaume-Uni (BASHH 2026) confirme l'urétrite par une microscopie faite sur place et les États-Unis (CDC 2021) la privilégient, alors qu'elle est rarement accessible en ville en France ^[3,6,11] (organisation : consultations spécialisées d'IST). La BASHH a retiré la bandelette sur premier jet de ses critères, sauf faute de microscopie, alors que le CDC et la recommandation européenne la gardent ^[6,8,11]. Comme la NABM, la BASHH et l'ASHM australienne cherchent M. genitalium d'emblée ^[5,6,7], la BASHH y voyant moins de consultations pour urétrite persistante ; le CDC le réserve aux symptômes persistants ou récidivants ^[11]. La BASHH propose aussi d'envisager une PCR herpès devant une dysurie sévère, des adénopathies, une méatite ou une ulcération ^[6], et l'ASHM une PCR herpès, adénovirus et Trichomonas si les tests sont négatifs et les symptômes persistants ^[7], d'où l'option herpès. La BASHH (2025) cherche le gonocoque au pharynx chez toute personne atteinte d'une gonococcie urogénitale et chez tous les contacts, l'infection y étant plus difficile à traiter ^[12].

Femme : cervicite

Définir la cervicite. Inflammation de l'endocol : écoulement purulent ou mucopurulent à l'orifice du col, col inflammatoire saignant au contact, et/ou polynucléaires au frottis endocervical ; il n'existe pas de seuil consensuel de polynucléaires ^[2]. Chlamydia et gonocoque sont les deux causes classiques, mais le plus souvent aucun n'est retrouvé ; à l'inverse, la plupart des femmes infectées ont un col normal ^[2].

Ce que prélever. La SFD recommande un frottis de l'endocol, une culture du gonocoque, une amplification génique de Chlamydia, et un prélèvement des culs-de-sac vaginaux (levures, clue cells, Trichomonas) ^[2]. Depuis, la NABM a inscrit la PCR multiplex Chlamydia, gonocoque et M. genitalium pour la cervicite aiguë, sur prélèvement vaginal ou endocervical ^[5] : la SFD 2016 jugeait la recherche de M. genitalium non recommandée ^[2], la HAS 2025 la retient chez la patiente symptomatique ^[10]. Le prélèvement vaginal pour Chlamydia peut être un autoprélèvement ^[4].

Autres IST : VIH, hépatite B et syphilis ^[2].

Contrôle : consultation entre J7 et J14 pour adapter le traitement aux résultats ; sérologie VIH à refaire à 6 semaines ^[2].

Partenaires : comme chez l'homme (Chlamydia, partenaires des 6 derniers mois) ^[4].

Une douleur pelvienne ou une douleur provoquée à la mobilisation utérine doit faire évoquer une infection génitale haute ^[4].

Ailleurs dans le monde : la BASHH (2025) ne cherche M. genitalium dans une cervicite que si les symptômes persistent après élimination des autres infections, pour éviter surdiagnostic et surtraitement (grade 2B) ^[16], et le CDC (2021) indique que ce test peut être envisagé ^[11], alors que la NABM et la HAS 2025 le prévoient d'emblée ^[5,10], comme l'Australie ^[14] (niveau de preuve jugé différemment). Le CDC demande un test plus sensible, comme l'amplification génique, quand l'examen direct ne montre pas de Trichomonas chez une femme symptomatique ^[11] ; l'Australie fait cette PCR d'emblée ^[14] et la BASHH estime la sensibilité de l'examen direct à 40-60 % ^[15], d'où l'option, hors nomenclature. L'Australie réserve la PCR herpès aux cervicites qui ne guérissent pas ou récidivent ^[14], le CDC jugeant son utilité inconnue ^[11].

Contrôle après traitement

Chlamydia : pas de PCR de guérison systématique ; elle se fait 4 semaines après la fin du traitement seulement en cas de grossesse, d'infection rectale traitée par azithromycine, de lymphogranulomatose vénérienne non traitée en première ligne ou de symptômes persistants ^[4]. Une PCR à 3-6 mois dépiste la réinfection ^[4]. Rapports protégés jusqu'à la fin du traitement et la disparition des symptômes ^[4].

Mycoplasma genitalium : pas de contrôle d'éradication si le traitement a été bien conduit et que le patient est asymptomatique ; contrôle seulement si les symptômes persistent plus de 3 semaines après la fin du traitement ^[10]. L'échec se définit ainsi, et relève d'un avis spécialisé en IST ^[10].

Gonocoque : en France, pas de test d'éradication après ceftriaxone 1 g sur une souche sensible avec bonne évolution ; test par PCR à partir de J14 si un autre antibiotique a été utilisé, si la CMI de la ceftriaxone dépasse 0,125 mg/L ou en cas de contamination en Asie-Pacifique ; culture dès l'arrêt de l'antibiotique si les symptômes persistent à 72 heures ^[3]. Une PCR faite avant 14 jours risque d'être faussement positive (ADN résiduel) ^[3]. La guideline européenne, elle, recommande un test de guérison dans tous les cas ^[9]. Rapports protégés au moins 7 jours après la ceftriaxone ^[3].

Urétrite persistante ou récidivante (15 à 25 % des hommes après le traitement d'une urétrite non gonococcique) : échec ou réinfection ; un agent infectieux n'est retrouvé que dans moins de la moitié des cas ^[8]. Rechercher M. genitalium par PCR avec recherche de résistance aux macrolides si cela n'a pas été fait ; envisager une recherche de Trichomonas vaginalis par amplification génique si ce parasite est fréquent dans la population locale ; penser à l'herpès, qui peut donner des brûlures sans lésion visible ^[8]. Avis spécialisé en IST.

Ailleurs dans le monde : la BASHH (2025) ne demande plus de test de guérison après ceftriaxone 1 g sur une souche sensible dans les infections anogénitales, comme la France ^[3,12], mais le garde pour le pharynx et la grossesse ^[12], et le CDC (2021) le réserve au pharynx, 7 à 14 jours après le traitement, parce que l'infection y est plus difficile à éradiquer ^[11] ; la recommandation française ne le demande pas non plus au pharynx sur souche sensible ^[3]. Le CDC refait le test 3 mois après tout traitement d'une gonococcie ou d'une infection à Chlamydia ^[11] et la BASHH (2026) 2 à 6 mois après une infection à Chlamydia avant 25 ans ^[17], contre 3 à 6 mois en France, et pour la gonococcie si les prises de risque se poursuivent ^[3,4], d'où l'option gonocoque. Pour M. genitalium, la BASHH (2025) écarte aussi le test de guérison quand les symptômes ont disparu ^[10,16]. Devant une urétrite persistante, la BASHH, le CDC et l'ASHM envisagent une PCR Trichomonas, la BASHH si le parasite touche au moins 2 % des femmes symptomatiques de la population locale ^[6,7,11], d'où l'option, hors nomenclature.

Sources

1. Santé publique France. Surveillance des infections sexuellement transmissibles bactériennes en médecine générale, France, 2020-2022 (réseau Sentinelles). Article en ligne, consulté le 24/10/2026.
2. Société française de dermatologie, section MST. Recommandations diagnostiques et thérapeutiques pour les maladies sexuellement transmissibles, 2016 : chapitres « Urétrite masculine », « Cervicite muco-purulente », « Ulcération génitale », « Orchi-épididymite » (Ann Dermatol Venereol 2016;143).
3. Haute Autorité de santé, Conseil national du sida et des hépatites virales, ANRS-MIE. Recommandations de prise en charge des personnes infectées par Neisseria gonorrhoeae. Recommandation de bonne pratique, avril 2025.
4. Haute Autorité de santé, Conseil national du sida et des hépatites virales, ANRS-MIE. Traitement curatif des personnes infectées par Chlamydia trachomatis. Recommandation de bonne pratique, avril 2025.
5. Assurance maladie. Nomenclature des actes de biologie médicale (NABM), version 105 : actes 5202 et 5203 (prélèvements génitaux), 5301 à 5306 (amplification génique Chlamydia, gonocoque, Mycoplasma genitalium et résistance aux macrolides), 1307 (sérologie Chlamydia).
6. Crofts M, Blee K, Evans C, Tipple C, Rayment M, Horner PJ. British Association of Sexual Health and HIV National Guideline on the Management of Non-gonococcal Urethritis (NGU), 2026. Int J STD AIDS. 2026 (publication en ligne).
7. Australasian Society for HIV, Viral Hepatitis and Sexual Health Medicine (ASHM). Australian STI Management Guidelines for Use in Primary Care : Urethritis – penile. Consultée le 30 octobre 2026.
8. Horner PJ, Blee K, Falk L, van der Meijden W, Moi H. 2016 European guideline on the management of non-gonococcal urethritis. Int J STD AIDS. 2016;27(11):928-37.
9. Unemo M, Ross JDC, Serwin AB, Gomberg M, Cusini M, Jensen JS. 2020 European guideline for the diagnosis and treatment of gonorrhoea in adults. Int J STD AIDS. 2020 (publié en ligne le 29 octobre 2020).
10. Haute Autorité de santé, Conseil national du sida et des hépatites virales, ANRS-MIE. Traitement curatif des personnes infectées par Mycoplasma genitalium. Recommandation de bonne pratique, avril 2025.
11. Workowski KA, Bachmann LH, Chan PA, et al. Sexually Transmitted Infections Treatment Guidelines, 2021. MMWR Recomm Rep. 2021;70(4):1-187.
12. Fifer H, Ismail MA, Soni S, et al. British Association of Sexual Health and HIV UK National Guideline for the Management of infection with Neisseria gonorrhoeae, 2025. Int J STD AIDS. 2025 (publication en ligne).
13. Horner P, Donders G, Cusini M, Gomberg M, Jensen JS, Unemo M. Should we be testing for urogenital Mycoplasma hominis, Ureaplasma parvum and Ureaplasma urealyticum in men and women? A position statement from the European STI Guidelines Editorial Board. J Eur Acad Dermatol Venereol. 2018;32(11):1845-51.
14. Australasian Society for HIV, Viral Hepatitis and Sexual Health Medicine (ASHM). Australian STI Management Guidelines for Use in Primary Care : Cervicitis. Consultée le 30 octobre 2026.
15. Sherrard J, Pitt R, Hobbs KR, et al. British Association for Sexual Health and HIV (BASHH) United Kingdom national guideline on the management of Trichomonas vaginalis 2021. Int J STD AIDS. 2022 (publication en ligne).
16. Soni S, Fifer H, Al-Shakarchi Y, et al. British Association of Sexual Health and HIV National guideline for the management of infection with Mycoplasma genitalium, 2025. Int J STD AIDS. 2025 (publication en ligne).
17. Saunders J, Burley N, Brice S, et al. British association for sexual health and HIV UK national guideline for the management of infection with Chlamydia trachomatis, 2026. Int J STD AIDS. 2026 (publication en ligne).