Bilans biologiques en soins primaires · par Dr Solange Déplanque et Dr Michaël Rochoy

Diarrhée aiguë (adulte et enfant) : quand analyser les selles ?

Infectiologie · Symptôme ou situation · mise à jour le 31/10/2026

Fréquence : 0,5 à 2 épisodes par an chez l'enfant de moins de 3 ans en Europe [1]

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Adulte : fièvre, sang ou glaires, douleurs sévères, terrain fragile

Analyse de selles (selle diarrhéique fraîche, avant tout antibiotique)

Bilan sanguin

Le plus souvent, aucun examen. Une diarrhée aqueuse sans fièvre, sans sang ni glaires, sans douleur abdominale sévère et sans terrain fragile ne justifie ni analyse de selles ni bilan sanguin : l'analyse des selles est réservée à des situations définies [3]. Le premier geste est clinique : rechercher une déshydratation, chez tous, surtout aux âges extrêmes [3].

Quand analyser les selles chez l'adulte :

Prélèvement : une selle diarrhéique (qui prend la forme du récipient) ; écouvillonnage rectal à défaut pour les bactéries ; selle fraîche pour les virus, les parasites et C. difficile [3]. La coproculture de la NABM comprend Campylobacter, Yersinia, et le cas échéant adénovirus et rotavirus ; la recherche d'autres agents (pathotypes d'E. coli, Vibrio, toxines) exige une prescription explicite [2]. En France, la recherche d'E. coli entérohémorragique n'est pas faite systématiquement devant une diarrhée glairosanglante [6] : l'écrire sur l'ordonnance si on la veut. L'examen parasitologique se fait de préférence sur 3 prélèvements espacés de 1 à 3 jours [2].

PCR multiplex (panels gastro-intestinaux) : plus sensibles, mais elles détectent de l'ADN et pas forcément un germe vivant ; interpréter selon la clinique [3]. Aucun acte dédié dans la NABM 105 : hors nomenclature [2].

Bilan sanguin : la NFS et les sérologies ne servent pas à trouver la cause, même si la NFS peut être utile cliniquement [3]. Hémocultures si sepsis, suspicion de fièvre typhoïde, retour de zone d'endémie avec fièvre inexpliquée, immunodépression, anémie hémolytique, nourrisson de moins de 3 mois [3]. Ionogramme et créatinine pour réévaluer l'équilibre hydroélectrolytique si les symptômes persistent [3] ; aucune des recommandations citées ne détaille le bilan sanguin d'une déshydratation de l'adulte vue en ville. L'urée n'est remboursée que dans l'insuffisance rénale aiguë, chez le dialysé ou pour l'évaluation nutritionnelle d'une insuffisance rénale chronique [2] : la créatinine suffit.

Après la guérison : pas de coproculture de contrôle, sauf exigence des autorités sanitaires pour le retour en collectivité ou au travail (Shigella, STEC, Salmonella typhique, manipulateurs de denrées) [3]. Pour les EHEC, le HCSP subordonne la réintégration en collectivité à deux recherches négatives réalisées plus de 48 heures après la fin des symptômes et à plus de 24 heures d'intervalle [6].

Quand penser à autre chose : au-delà de 14 jours sans cause, envisager une maladie inflammatoire chronique de l'intestin ou un syndrome de l'intestin irritable [3] ; au-delà de 4 semaines, voir la fiche « Diarrhées chroniques ».

Ailleurs dans le monde : le standard britannique S 7 (2026) inclut dans le bilan de première ligne Salmonella, Shigella, Campylobacter, les STEC, ainsi que Giardia et Cryptosporidium [4], alors qu'en France les STEC et Cryptosporidium demandent une prescription explicite [2,6] (organisation des laboratoires). L'Allemagne recherche toujours les STEC devant du sang visible dans les selles, chez le manipulateur de denrées et autour d'un SHU [7], et aux Pays-Bas la plupart des laboratoires les recherchent par PCR multiplex [8] ; le RKI note que l'essor de ces panels a fait monter les cas déclarés sans hausse des SHU [7], ce qu'il attribue à des tests plus nombreux et plus sensibles. Une revue américaine de médecine de famille réserve la coproculture ou la PCR multiplex aux signes d'invasion, à l'immunodépression, à une maladie prolongée ou au risque d'épidémie [9], indications voisines de celles de l'IDSA [3], alors que ces panels sont hors nomenclature en France [2] (remboursement). Le standard britannique rappelle aussi la colite sexuellement transmise et propose une PCR rapide devant une diarrhée sanglante évocatrice de rectocolite hémorragique [4], d'où les options.

Ne pas prescrire

Enfant : quand prélever, diarrhée sanglante

Analyse de selles (si l'une des situations de la note)

Infection à STEC confirmée, enfant non hospitalisé (sur avis spécialisé)

Chez l'enfant, la plupart du temps, aucun examen hors hospitalisation [1]. L'évaluation de la déshydratation est clinique ; ne pas faire de biochimie sanguine en routine [10]. Les enfants de moins de 3 ans font 0,5 à 2 épisodes de diarrhée aiguë par an en Europe, surtout viraux (norovirus, rotavirus, adénovirus) [1].

Analyse bactériologique ou parasitologique des selles quand [1] :

NICE ajoute de l'envisager si la diarrhée ne s'améliore pas au 7e jour ou si le diagnostic de gastro-entérite est incertain, et de faire une hémoculture si l'on donne un antibiotique [10].

Diarrhée sanglante : penser au syndrome hémolytique et urémique (SHU). Les E. coli producteurs de shigatoxines (STEC ou EHEC) en sont la cause ; leur recherche n'est pas systématique en France devant une diarrhée glairosanglante [6] : la demander explicitement [2,3]. Le SHU associe anémie hémolytique mécanique (LDH élevées, haptoglobine basse, schizocytes), thrombopénie et insuffisance rénale ; les signes d'appel sont la pâleur, la fatigue, des ecchymoses, une oligurie ou anurie, une hématurie, une protéinurie, une HTA, des signes neurologiques [11]. Tout SHU suspecté est une urgence hospitalière, dont la prise en charge est coordonnée par un médecin hospitalier [11]. En cas d'infection à STEC confirmée chez un enfant resté à domicile, la surveillance (hémoglobine, plaquettes, ionogramme, créatinine, frottis à la recherche de schizocytes) se fait sur avis spécialisé [3,10].

Ionogramme, créatinine, glycémie seulement si une réhydratation intraveineuse est nécessaire ou devant des signes d'hypernatrémie (mouvements trémulants, hypertonie, hyperréflexie, convulsions, somnolence) [10], c'est-à-dire en pratique à l'hôpital. Critères d'hospitalisation : choc, déshydratation sévère (perte de 10 % du poids ou plus), troubles neurologiques, vomissements incoercibles ou bilieux, échec de la réhydratation orale, surveillance impossible à domicile [1].

Retour en collectivité après infection à EHEC : deux recherches d'EHEC négatives dans les selles, plus de 48 heures après la fin des symptômes et à plus de 24 heures d'intervalle ; tout contact symptomatique d'un cas fait l'objet d'une recherche [6].

Clostridioides difficile : la NABM ne prévoit sa recherche qu'au-delà de 3 ans [2] ; l'IDSA, au-delà de 2 ans [3].

Ailleurs dans le monde : une revue américaine reprend les indications du NICE, qu'elle cite : pas d'examen de selles si une gastro-entérite virale est probable, mais en cas de septicémie suspectée, de sang ou de glaires, ou d'immunodépression, et ionogramme, créatinine et glycémie si une réhydratation intraveineuse est probable [10,12]. L'Allemagne fait penser aux STEC devant toute gastro-entérite de l'enfant et les recherche chez tout enfant hospitalisé pour diarrhée jusqu'à 6 ans [7], plus largement que la France, où cette recherche n'est pas systématique [6] (organisation de la surveillance du SHU). Au Royaume-Uni, la recherche des virus dans les selles se limite en ville à l'enfant de moins de 5 ans et à l'immunodéprimé [4].

Ne pas prescrire

Pendant ou après un antibiotique, ou après une hospitalisation

Analyse de selles (une selle diarrhéique)

Diarrhée pendant ou après un antibiotique, ou après une hospitalisation : rechercher Clostridioides difficile. La NABM prévoit la recherche chez un patient de plus de 3 ans ayant une diarrhée (selles qui prennent la forme du récipient), en ville sur prescription ou à l'initiative du biologiste en cas d'âge de plus de 65 ans, d'hospitalisation ou d'antibiothérapie dans les 2 mois précédents [2]. L'IDSA la propose après un antibiotique ou en cas de diarrhée associée aux soins, au-delà de 2 ans, et en cas de diarrhée persistante sans cause [3].

Une seule selle diarrhéique suffit : multiplier les échantillons n'augmente pas le rendement [3]. Le laboratoire fait un test de dépistage (glutamate déshydrogénase ou PCR des gènes de toxines), puis, si la glutamate déshydrogénase est positive, la recherche des toxines ou de leurs gènes ; un dépistage négatif clôt l'examen [2].

Selles sanglantes : le sang n'est pas attendu dans l'infection à C. difficile ; faire aussi une coproculture [3].

Après un résultat positif, l'acte n'est pas pris en charge pendant 7 jours, et aucun contrôle biologique n'est à faire après la fin du traitement [2].

Ailleurs dans le monde : le standard britannique B 10 (2025) teste au minimum tout patient hospitalisé à partir de 2 ans et tout patient de ville à partir de 65 ans, et avant 65 ans sur demande ou en cas d'antibiotiques [14], une logique proche de la NABM, qui fixe l'âge minimal à plus de 3 ans [2]. Il exclut les diarrhées dues à une colite inflammatoire ou à des laxatifs, écarte le dépistage du sujet sans symptôme et le contrôle après guérison, comme la NABM pour ce dernier [2,14], et conseille un nouveau test si le premier est négatif alors que les symptômes persistent sans autre cause [14]. Le NICE classe la gravité sur les leucocytes, la créatininémie, la température et la colite [13], d'où l'option.

Ne pas prescrire

Sources

  1. Groupe francophone d'hépatologie, gastroentérologie et nutrition pédiatriques (GFHGNP). Jung C, Bellaiche M. Diarrhée aiguë du nourrisson et de l'enfant : recommandations d'experts 2024. Fiche de recommandations, juin 2024.
  2. Assurance maladie. Nomenclature des actes de biologie médicale (NABM), version 105 : actes 5207 (examen microbiologique des selles), 0286 (examen parasitologique des selles), 0290 (Cryptosporidium), 1033 (Clostridioides difficile), 0591 (urée) ; absence d'acte pour les panels de PCR multiplex gastro-intestinaux.
  3. Infectious Diseases Society of America. Shane AL, Mody RK, Crump JA, et al. 2017 Infectious Diseases Society of America Clinical Practice Guidelines for the Diagnosis and Management of Infectious Diarrhea. Clin Infect Dis. 2017;65(12):e45-e80.
  4. UK Health Security Agency, Royal College of Pathologists. UK Standards for Microbiology Investigations. S 7 : Gastroenteritis. Version 2.3, 21 janvier 2026.
  5. Santé publique France. Toxi-infections alimentaires collectives (page thématique), mise à jour du 20 mars 2026, consultée le 11 octobre 2026.
  6. Haut Conseil de la santé publique. Conduite à tenir en cas de gastroentérites à Escherichia coli entérohémorragique (EHEC). Rapport, 23 janvier 2015.
  7. Robert Koch-Institut (Allemagne). RKI-Ratgeber EHEC-Erkrankung. Version entièrement actualisée de février 2026.
  8. Rijksinstituut voor Volksgezondheid en Milieu (RIVM, Pays-Bas), LCI. Richtlijn STEC. Chapitre diagnostic établi le 27 novembre 2020.
  9. Meisenheimer ES, Epstein C, Thiel D. Acute Diarrhea in Adults. Am Fam Physician. 2022;106(1):72-80.
  10. National Institute for Health and Care Excellence. Diarrhoea and vomiting caused by gastroenteritis in under 5s: diagnosis and management. Clinical guideline CG84, avril 2009 ; chapitre Recommendations consulté le 11 octobre 2026.
  11. Centres de référence des maladies rénales rares (SORARE, NEPHROGONES, MARHEA) et CNR des microangiopathies thrombotiques, filières ORKiD et MaRIH. Syndrome hémolytique et urémique (SHU) : synthèse à destination du médecin traitant, extraite du PNDS. Février 2021 (document publié sur le site de la HAS, non validé par elle).
  12. Hartman S, Brown E, Loomis E, Russell HA. Gastroenteritis in Children. Am Fam Physician. 2019;99(3):159-165.
  13. National Institute for Health and Care Excellence. Clostridioides difficile infection: antimicrobial prescribing. NICE guideline NG199, 23 juillet 2021.
  14. UK Health Security Agency, Royal College of Pathologists. UK Standards for Microbiology Investigations. B 10 : Investigation of faecal specimens for Clostridioides difficile. Version 2, 24 mars 2025.