Coqueluche (suspicion)

Infectiologie · Symptôme ou situation · mise à jour le 08/11/2026

Fréquence : En 2024, l'incidence des coqueluches confirmées vues en médecine générale a été estimée à 134 639 cas (réseau Sentinelles, point au 16 septembre 2024, année de forte circulation de la bactérie) ^[1].

Toux < 21 jours, quinteuse avec apnées chez un enfant non vacciné

Selon le HCSP, les indications diagnostiques sont à moduler en fonction de l’âge, de l’état vaccinal et des symptômes :

• Chez les nouveau-nés et les jeunes enfants non ou incomplètement vaccinés, tout épisode de toux quinteuse ou associée à des apnées, quelle que soit sa durée, doit faire rechercher la coqueluche.

Chez le nourrisson (surtout avant 6 mois), ce sont les accès de cyanose et apnées qui sont au premier plan (souvent sans « chant du coq »).

**Conduite à tenir pratique :

– Eviction des nourrissons < 6 mois (population la plus à risque)

– Eviction de la collectivité en attendant le résultat de la PCR, et jusqu’à 3 à 5 jours après le début du traitement (selon l’antibiotique utilisé)**

– Recours aux mesures barrières (isolement, masque si contacts nécessaires) comme pour toute infection respiratoire, pour limiter la transmission (en particulier dans les espaces clos, a fortiori dans tous les établissements sanitaires et médico-sociaux, transports en commun, etc.)

– Antibiothérapie en cas de coqueluche pour réduire la contagiosité (voir Antibioclic).

– Vérifier la vaccination de l’entourage (pour mémoire, vaccination des femmes enceintes entre 20 et 36 SA, pour un passage transplacentaire d’anticorps post-vaccinaux avec une efficacité vaccinale de 90 % jusqu’au début de la vaccination pour le nourrisson) ;

– Si cas groupés (au moins 2 en collectivités ou milieu familial) ou si infections nosocomiales : contacter l’ARS (par exemple dans les Hauts-de-France : ars-hdf-signal@ars.sante.fr). Ils conseilleront essentiellement à l’entourage de vérifier et mettre à jour leur statut vaccinal, et se tester en cas de symptômes. La coqueluche isolée n’est pas une maladie à déclaration obligatoire.

Prise en charge : la NABM exige le statut vaccinal et l'ancienneté de la toux, et ne prévoit aucune investigation chez un sujet « vacciné depuis moins de trois ans » ^[2], sans préciser si une vaccination incomplète suffit : chez un nourrisson incomplètement mais récemment vacciné, la PCR recommandée par le HCSP pourrait donc sortir du libellé de prise en charge ; chez un nourrisson non vacciné, la PCR est prévue si la toux dure depuis moins de trois semaines ^[2].

Ailleurs dans le monde : au Royaume-Uni (UKHSA, 2026), la PCR est recommandée à tout âge dans les 21 jours qui suivent le début de la toux, complétée par une culture quand le laboratoire le permet ; le délai d'au moins un an depuis la dernière dose de vaccin, grossesse comprise, n'y est exigé que pour la sérologie et le test salivaire ^[3]. La règle française qui exclut toute recherche chez le sujet vacciné depuis moins de 3 ans ^[2] n'a pas d'équivalent dans ce texte (choix de prise en charge). En Nouvelle-Galles du Sud (Australie, 2015), la PCR est aussi l'examen de choix ^[4].

Toux < 21 jours, durant depuis plus de 7 jours (ou contage coqueluche) ; quintes nocturnes et/ou cri inspiratoire et/ou vomissements post-tussifs et/ou cyanose, apnées

Selon le HCSP, les indications diagnostiques sont à moduler en fonction de l’âge, de l’état vaccinal et des symptômes :

• Chez les nouveau-nés et les jeunes enfants non ou incomplètement vaccinés, tout épisode de toux quinteuse ou associée à des apnées, quelle que soit sa durée, doit faire rechercher la coqueluche.

• Chez les enfants vaccinés, les adolescents et les adultes, la présence d’une toux de plus de 7 jours sans cause évidente (asthme, RGO, hyperréactivité bronchique, etc.), avec une dernière vaccination datant de plus de 5 ans, doit entraîner la recherche de B. pertussis et B. parapertussis.

Pour le clinicien, le problème principal est de savoir précisément quand demander une PCR coqueluche, puisque les toux supérieures à 7 jours sont courantes en médecine générale.

Pour les CDC américains, la définition d’une coqueluche probable (2020) est une toux durant ≥ 2 semaines (*), sans autre diagnostic plus probable, avec au moins un des signes ou symptômes suivants :

• Paroxysmes de toux (quintes) OU

• Cri inspiratoire OU

• Vomissements post-tussifs OU

• Apnée (avec ou sans cyanose)

(*) la notion de durée peut être remplacée par un lien épidémiologique (contact avec une personne ayant une coqueluche confirmée – c’est-à-dire une PCR coqueluche positive), sous réserve d’avoir au moins un des 4 symptômes sus-cités.

En pratique, la coqueluche a une incubation de 5-10 jours (maximum 21 jours) et se développe en 3 phases cliniques :

• Catarrhale (1-2 semaines) : coryza (rhinite), fièvre légère ou absente, toux légère occasionnelle (apnée chez les nourrissons)

• Paroxystique / quinteuse (1-6 semaines) : quintes de toux nombreuses et rapides (secousses expiratoires au cours d’une même expiration), avec reprise inspiratoire difficile, prolongée et associée à un cri aigu à la fin (« chant du coq », surtout chez le jeune enfant), à prédominance nocturne, accompagnées de vomissements glaireux, d’augmentation progressive en nombre (au moindre stimuli : alimentation, cri, rire, effort, etc.)

• Convalescente (2-6 semaines) : récupération progressive avec diminution des toux paroxystiques

Aucun de ces symptômes n’est pathognomonique. Ainsi, vomissements et cri inspiratoire ont une sensibilité de 78 % et spécificité de 80 % chez l’adolescent et l’adulte ; un diagnostic différentiel d’hyperréactivité bronchique ou de toux équivalent d’asthme sera régulièrement évoqué.

Le délai d’incubation long se démarque des autres causes de rhinite (ex. 3-4 jours pour COVID-19, 1-4 jours pour grippe, 2-8 jours pour VRS…), mais là aussi ce n’est pas spécifique (ex. 1-3 semaines pour Mycoplasma pneumoniae). Chez le nourrisson (surtout avant 6 mois), ce sont les accès de cyanose et apnées qui sont au premier plan (souvent sans « chant du coq »).

L’immunité post-infectieuse de la coqueluche dure 5 à 15 ans ; l’immunité post-vaccinale dure 5 à 10 ans avec un déclin rapide. L’efficacité vaccinale n’est pas de 100 %, et il est possible d’avoir des épidémies de coqueluche touchant des enfants récemment vaccinés en crèche ou maternelle…

En cas de NFS concomitante, une hyperleucocytose et hyperlymphocytose sont attendues, non spécifiques.

C’est donc sur un faisceau d’arguments qu’on envisagera plus volontiers une PCR : une toux persistante à J7 avec immunité > 5 ans, sans autre cause évidente (RGO, asthme, etc.)… en particulier, si la toux est spasmodique (quintes évocatrices), nocturne et émétisante, autour de cas de coqueluche « probable » (cf. supra), avec un délai d’incubation plus long que pour les viroses, et a fortiori en période de recrudescence épidémiologique (tous les 3-5 ans environ).

**Conduite à tenir pratique :

– Eviction des nourrissons < 6 mois (population la plus à risque)

– Eviction de la collectivité en attendant le résultat de la PCR, et jusqu’à 3 à 5 jours après le début du traitement (selon l’antibiotique utilisé)**

– Recours aux mesures barrières (isolement, masque si contacts nécessaires) comme pour toute infection respiratoire, pour limiter la transmission (en particulier dans les espaces clos, a fortiori dans tous les établissements sanitaires et médico-sociaux, transports en commun, etc.)

– Antibiothérapie en cas de coqueluche pour réduire la contagiosité (voir Antibioclic).

– Vérifier la vaccination de l’entourage (pour mémoire, vaccination des femmes enceintes entre 20 et 36 SA, pour un passage transplacentaire d’anticorps post-vaccinaux avec une efficacité vaccinale de 90 % jusqu’au début de la vaccination pour le nourrisson) ;

– Si cas groupés (au moins 2 en collectivités ou milieu familial) ou si infections nosocomiales : contacter l’ARS (par exemple dans les Hauts-de-France : ars-hdf-signal@ars.sante.fr). Ils conseilleront essentiellement à l’entourage de vérifier et mettre à jour leur statut vaccinal, et se tester en cas de symptômes. La coqueluche isolée n’est pas une maladie à déclaration obligatoire.

Prise en charge (NABM) : renseignements cliniques exigés, statut vaccinal et ancienneté de la toux ; aucune investigation si le sujet est vacciné depuis moins de 3 ans ; PCR seule si la vaccination date de plus de 3 ans ou si le statut est inconnu, et si la toux dure depuis moins de 3 semaines ; aucun examen au-delà de 3 semaines. Une sérologie prescrite est remplacée par la PCR si ces conditions sont remplies, sinon aucun examen n'est fait ^[2]. Une seule PCR est prise en charge par patient ^[2].

Ailleurs dans le monde : au Royaume-Uni, la coqueluche est suspectée devant une toux de 14 jours ou plus sans cause apparente avec quintes, chant du coq, vomissements après la toux ou apnées chez le nourrisson ^[5]. La PCR, avec ou sans culture, y est faite avant 2 semaines de toux ; entre 2 et 3 semaines, elle peut être complétée par une sérologie ou, de 2 à 16 ans, par un test salivaire ^[5], ces examens servant à confirmer les cas et à la surveillance ^[3]. En Nouvelle-Galles du Sud, la PCR reste l'examen de choix jusqu'à 4 semaines de toux, ou 3 semaines de quintes, puis la sérologie devient plus utile malgré une sensibilité et une spécificité faibles, sauf avant 2 ans ^[4].

Toux > 21 jours

Chez un patient toussant depuis plus de 3 semaines, un test PCR n’est pas indiqué en première intention car à fort risque d’être déjà négatif.

Chercher un cas secondaire de toux dans l’entourage et lui prescrire la PCR coqueluche, pour aider au diagnostic rétrospectif du cas index, et surtout interrompre les chaînes de contamination à un stade précoce.

La sérologie n’est pas recommandée et n’est plus remboursée depuis 2011.

La contagiosité est estimée à 3 semaines environ après le début des symptômes sans antibiotique (J3-J5 après début de l’antibiothérapie, selon l’antibiotique choisi sinon).

Pour la NABM, au-delà de 3 semaines de toux, aucun examen biologique relatif à la coqueluche n'est à réaliser, ni PCR ni sérologie ^[2].

Ailleurs dans le monde : au-delà de 3 semaines de toux, le Royaume-Uni propose une sérologie payante (à partir d'un an d'âge et au moins un an après la dernière dose de vaccin) ou, de 2 à 16 ans, un test salivaire gratuit, et ne prescrit plus d'antibiotique ^[3,5]. La Nouvelle-Galles du Sud admet aussi la sérologie à ce stade ^[4]. Ces examens, sans équivalent pris en charge en France ^[2], y servent surtout à confirmer les cas pour la surveillance ^[3] (organisation de la surveillance différente).

Cas contact de coqueluche

Pour l’entourage (partenaires, personnes vivant sous le même toit, enfants et personnels d’une section en crèche), une PCR est recommandée uniquement si symptômes.

Pour les personnes à risque (femmes enceintes, maladie respiratoire chronique, immunodépression) et les collectivités à risque :

• Mesures barrières (port du masque systématique, lavage de mains ; diagnostic de qualité de l’air par capteurs CO2 et amélioration par la ventilation et la purification)

• Antibioprophylaxie par macrolides des enfants non ou mal vaccinés (< 2-3 doses selon l’âge), enfants dont la dernière vaccination a plus de 5 ans, adultes non vaccinés ou dont le dernier rappel a plus de 5 ans

• Antibioprophylaxie des contacts occasionnels à risque de forme grave (nourrisson, grossesse ou personne en contact avec nourrisson, maladie respiratoire chronique, immunodépression)

Cas particulier autour de Bordetella parapertussis pour le HCSP.

Le HCSP propose en 2022 :

• l’application des mesures barrières autour du ou des cas de coqueluche, quelle que soit l’espèce de Bordetella en cause (masque pendant 3 semaines notamment) ;

• de ne pas effectuer de recherche de B. parapertussis chez les patients asymptomatiques contacts d’un cas de coqueluche causée par cette espèce ;

• pour les personnes ayant une infection confirmée à B. parapertussis, de traiter les sujets symptomatiques selon les mêmes modalités que pour B. pertussis et de ne traiter les personnes a- ou pauci symptomatiques que lorsqu’il y a dans leur entourage des personnes à risque de formes graves de coqueluche ;

• pour les contacts asymptomatiques d’un cas confirmé d’infection à B. parapertussis, de ne traiter, selon les mêmes modalités que pour B. pertussis, que les personnes ayant dans leur entourage des sujets à risque de forme grave de coqueluche ;

• dans les établissements de santé, les établissements sociaux et médico sociaux ou les écoles, de mettre en œuvre, en cas de détection de B. parapertussis chez un sujet, les mêmes mesures que pour la détection de B. pertussis

L’absence d’antibiothérapie s’entend en cas de nombre de contacts limités (et/ou avec masque bien porté), puisque « l’entourage à risque » peut être difficile à estimer dans un contexte de collectivités, de salle d’attente, de transport en commun, etc.

Ailleurs dans le monde : en Nouvelle-Galles du Sud, le test des contacts asymptomatiques est déconseillé ^[4], comme dans la fiche ; au Royaume-Uni, la prise en charge des cas suspects et de leurs contacts n'attend pas les résultats biologiques, et l'éviction des contacts asymptomatiques n'est pas requise ^[3].

Toux prolongée de l'adulte (plus de 3 semaines, chronique au-delà de 8 semaines) : pas de bilan biologique

Durées : chez l'adulte, la toux est aiguë avant 3 semaines, subaiguë de 3 à 8 semaines, chronique au-delà de 8 semaines ^[7,8]. Entre 3 et 8 semaines, les causes les plus fréquentes sont la toux post-infectieuse et la décompensation d'une maladie sous-jacente (asthme, BPCO, syndrome de toux des voies aériennes supérieures) ^[8].

Bilan initial d'une toux chronique : interrogatoire et examen orientés vers un cancer, une infection, un corps étranger inhalé ou la prise d'un IEC, puis spirométrie et radiographie thoracique récente ^[7]. Pas de scanner thoracique systématique si la radiographie et l'examen sont normaux ^[7]. Aucune des recommandations citées ne met d'examen biologique dans ce bilan initial ^[7,8].

Éosinophiles sanguins : un taux supérieur à 0,3 G/L peut témoigner d'une inflammation bronchique à éosinophiles, mais il varie selon l'heure et la saison et doit être contrôlé plusieurs fois ^[7]. Son intérêt pour prédire la réponse aux corticoïdes n'est pas démontré ; un essai thérapeutique est une alternative quand on soupçonne une toux asthmatique ^[7].

IEC : une toux chronique survient chez environ 15 % des patients sous IEC ; les sartans n'agissent pas sur le réflexe de toux ^[7].

Coqueluche : au-delà de 3 semaines de toux, la PCR n'est pas indiquée en première intention ; la découverte de cas plus récents dans l'entourage aide au diagnostic du cas index ^[6] (voir l'onglet « Toux > 21 jours »).

Signes d'alerte : rechercher une hémoptysie ou un autre symptôme menaçant, à explorer sans attendre ; penser à la tuberculose chez les patients à risque ou venant d'une zone d'endémie, quelle que soit la durée de la toux et même si la radiographie est normale ^[8].

Ailleurs dans le monde : au Royaume-Uni, toute toux de 14 jours ou plus sans cause apparente, avec quintes, chant du coq, vomissements après la toux ou apnées du nourrisson, fait suspecter une coqueluche, recherchée au-delà de 3 semaines par sérologie ou, de 2 à 16 ans, par test salivaire ^[5].

Sources

1. Santé publique France. Coqueluche en France. Point au 18 septembre 2024 (données au 16 septembre 2024).
2. Caisse nationale de l’assurance maladie. Nomenclature des actes de biologie médicale (NABM), version 105 : chapitre 19, Bordetella pertussis (préambule) et acte 5258.
3. UK Health Security Agency. National pertussis guidance for England. Mai 2026.
4. NSW Health (Nouvelle-Galles du Sud, Australie). Pertussis control guideline for public health units. Dernière mise à jour le 23 janvier 2015.
5. UK Health Security Agency. Testing for pertussis in primary care. Mai 2026 (document joint à « Pertussis: guidelines for public health management », gov.uk).
6. Conduite à tenir autour d’un ou plusieurs cas de coqueluche
7. Morice AH, Millqvist E, Bieksiene K, et al. ERS guidelines on the diagnosis and treatment of chronic cough in adults and children. Eur Respir J. 2020;55(1):1901136.
8. Irwin RS, French CL, Chang AB, Altman KW; CHEST Expert Cough Panel. Classification of Cough as a Symptom in Adults and Management Algorithms: CHEST Guideline and Expert Panel Report. Chest. 2018;153(1):196-209.
9. Fiche CMG 2024 - Alerte coqueluche !
10. Santé Publique France - Coqueluche 2014
11. CDC - Pertussis (présentation clinique)
12. Définition de coqueluche pour les CDC
13. Baxter, R., Bartlett, J., Fireman, B., Lewis, E., & Klein, N. P. (2017). Effectiveness of vaccination during pregnancy to prevent infant pertussis. Pediatrics, 139(5).
14. ECDC - Coqueluche
15. DGS Urgent Juin 2024 - Coqueluche